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En Afrique australe, l’assainissement se réfère à l’amélioration de la situation sanitaire globale de l’environnement à travers le traitement et à l’élimination adéquate des excréments humains et des eaux usées. En Afrique australe , l’assainissement prend une dimension particulière puisqu’il est au cœur des politiques de santé publique avec notamment la lutte contre la défécation en plein air à l’origine des maladies comme le choléra.

D’un point de vue environnemental, l’assainissement en Afrique australe renvoie à la lutte contre la pollution causée par les eaux usées, avec la construction des stations d’épuration. Dans certaines parties de l’Afrique australe , l’assainissement intègre également la réutilisation des eaux usées pour l’irrigation ou encore la consommation des populations dans des pays aux ressources en eau douce limitées comme la Namibie.